[심층 노트] 법인 비사업용 토지 판정: 유형별 요건과 제외사유

1. 검토 배경: 본세가 아니라 추가세액의 문제

법인이 토지를 양도하면 법인세 본세와 별개로 토지등 양도소득에 대한 과세특례가 붙을 수 있습니다. 법인세법 제55조의2 제1항은 각 호에 따라 계산한 세액을 제13조의 과세표준에 제55조의 세율을 적용한 법인세액에 추가하여 납부하도록 합니다. 같은 항 제3호는 비사업용 토지를 양도한 경우 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등은 100분의 40)을 곱한 세액을 추가세액으로 정합니다 [1]. 이 글은 시행 2026. 7. 1. 조문을 기준으로 내국법인의 토지 양도만 다루며, 주택·별장·조합원입주권·분양권은 범위 밖입니다. 하나의 자산이 제1항 각 호 중 둘 이상에 해당하면 가장 높은 세액을 적용한다는 후단이 있으나, 아래에서는 비사업용 토지 호만 적용되는 경우를 가정합니다 [1].

핵심은 제2항의 정의 방식입니다. 비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지입니다. 양도일의 현황만으로 결론이 나지 않고 소유기간 중 일정 기간의 이용 상태가 요건에 들어옵니다. 구체적인 시행령의 기간·기준면적·배율 수치는 이 글에서 다루지 않습니다 [1]. 아래 사례에서 ‘기간 요건 충족’은 모두 가정이며, 실제 판정에서는 시행령으로 확인해야 하는 부분입니다. 또한 유형 분류 → 제외사유 → 소유기간 중 해당 기간 → 제3항·제4항 사유라는 검토 순서는 조문 구조에서 도출한 작성자의 적용 분석이지 조문이 명시한 절차가 아닙니다.

2. 원문 근거: 토지 유형별 원칙과 제외사유

제2항은 토지를 유형별로 나누어 각각 원칙과 제외사유를 둡니다 [1].

이 표에서 먼저 볼 점은 제외사유가 유형마다 따로 붙어 있다는 것입니다. 제4호는 농지·임야·목장용지를 제외한 나머지 토지가 대상이므로, 지목과 실제 용도를 먼저 분류해야 어느 호의 제외사유를 적용할지 정해집니다. 제4호 나목의 재산세 별도합산·분리과세대상 제외는 제4호 토지의 제외사유로 규정되어 있고, 농지에 대해서는 제1호의 각 목이 자기 단서를 따로 둡니다. 따라서 같은 재산세 유형이라도 농지에 제4호 나목을 그대로 적용하는 것은 조문 구조와 맞지 않는다고 읽는 것이 자연스럽습니다(작성자의 문언 해석).

제1호는 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것’이라고 하므로 가목과 나목이 각각 독립된 요건이고, 두 단서도 각각 해당 목에 붙어 있습니다. 농업을 주업으로 하지 않는 법인이 농지법 등으로 소유할 수 있는 대통령령 농지를 가졌다면 가목에서는 제외되지만, 그 농지가 도시지역에 있다면 나목을 별도로 따져야 합니다. 반대로 농업 주업 법인의 농지는 가목에는 해당하지 않아도 나목 요건이 충족되면 비사업용이 될 수 있습니다 [1].

제4호 가목·나목은 지방세법상 재산세 과세 유형에 연동되므로 과세대장 등으로 비교적 객관적으로 확인됩니다. 다목은 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려해 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것을 제외합니다. 세부 범위는 시행령에 위임되어 있어 이 글은 조문이 열거한 고려 요소까지만 확인합니다 [1]. 제5호부터 제7호는 주택·별장 부속토지와 유사 토지를 열거하는데, 주택·별장은 이 글의 범위 밖입니다 [1].

3. 제3항·제4항: 같은 ‘배제’라도 층위가 다르다

제2항 각 호에 해당해도 제3항이 별도의 길을 둡니다. 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있습니다 [1]. 조문이 ‘보지 아니할 수 있다’고 쓰고 방법을 대통령령에 맡기므로, 사용금지 사실만으로 자동 제외된다고 단정하기는 어렵습니다. 이 규정은 비사업용 판정 단계에서 작동합니다.

제4항은 층위가 다릅니다. 파산선고에 의한 처분 소득, 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령 요건에 해당하는 교환·분할·통합 소득, 환지처분 등 대통령령 사유로 발생한 소득에는 제1항 자체를 적용하지 않습니다. 비사업용 여부를 따지기 전에 추가과세 규정이 배제되는 것입니다. 다만 단서에 따라 미등기 토지등의 양도소득은 이 배제에서 빠집니다. 제5항은 미등기 토지등을 취득 등기를 하지 않고 양도하는 토지등으로 정의하되, 장기할부 조건으로 취득해 계약상 양도 당시 등기가 불가능한 토지등과 대통령령 지정 토지등은 제외합니다 [1].

4. 가상 사례: 재산세 과세 유형이 만드는 차이

다음은 실제 거래가 아닌 가상 사례입니다. 제조업 법인(농업·임업·축산업이 주업이 아님)이 공장 인근에 농지·임야·목장용지가 아닌 토지(제4호 대상)를 보유하다 양도합니다. 양도금액은 10억 원, 양도 당시 장부가액은 6억 원이며 취득등기를 마쳤습니다. 제6항에 따라 토지등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시 장부가액을 뺀 금액이므로 10억 원 − 6억 원 = 4억 원입니다 [1]. 소유기간 중 대통령령 기간 요건은 충족하고 제3항·제4항 사유는 없다고 가정합니다. 이 가정 때문에 사례는 제4호 제외사유 해당 여부가 결론을 가르는 경우만 보여줍니다.

사례 A. 이 토지가 해당 기간 동안 재산세 별도합산과세대상이었다고 가정하면 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외됩니다. 제1항 제3호의 요건이 충족되지 않으므로 이 규정에 따른 추가세액은 0원입니다.

사례 B. 같은 토지가 비과세·면제 대상도, 별도합산·분리과세대상도 아니고, 제4호 다목의 업무 직접관련 토지(대통령령 지정)에도 해당하지 않는다면 제4호 본문에 따라 비사업용 토지입니다. 등기를 마친 양도이므로 추가세액은 4억 원 × 100분의 10 = 4천만 원입니다 [1].

양도금액·장부가액·양도소득이 같아도 재산세 과세 유형 하나로 추가세액이 4천만 원 달라집니다. 이 금액은 제55조에 따라 계산하는 본세와 별도로 가산됩니다.

5. 반대 조건: 사실 하나를 바꾸면 어디가 달라지나

사례 B를 출발점으로 사실을 하나씩 바꿔 봅니다. 금액은 모두 소득 4억 원 기준입니다.

① 미등기와 제5항 단서. 비율이 40%로 바뀌고 제4항 배제도 막힙니다. 다만 장기할부 조건 취득으로 계약상 양도 당시 등기가 불가능한 토지등은 미등기 토지등에서 제외되므로, 이 경우에는 40%의 전제 자체가 달라집니다 [1]. 등기 여부는 비율뿐 아니라 제4항 배제 가능성까지 함께 바꾸는 사실입니다.

② 제3항은 ‘사실 + 인정 절차’다. 조문상 결론을 좌우하는 사실은 사용금지의 근거가 법령이라는 점, 사유가 취득 후 발생했다는 점, 그 사유 때문에 비사업용에 해당하게 되었다는 연결입니다. ‘대통령령으로 정하는 바에 따라’ 보지 않을 수 있다는 문언상 인정 방법은 시행령에서 확인할 문제이므로 표의 0원은 인정되는 경우를 가정한 값입니다. 사용금지 이전부터 이미 비사업용이던 토지는 ‘사용금지 때문에 해당하게 된’ 요건 연결이 약해질 수 있습니다(작성자 분석).

③ 같은 토지가 농지라면 구조가 바뀐다. 사례 B의 토지가 농지였다면 제4호가 아니라 제1호로 분류됩니다. 제조업 법인은 농업 주업 법인이 아니므로 가목에 원칙적으로 해당하고, 농지법 등으로 소유할 수 있는 대통령령 농지에 해당하면 가목에서 제외됩니다. 여기서 끝나지 않고, 그 농지가 특별시·광역시·시 지역의 도시지역에 있다면 나목에 해당하는지, 나목 단서(대통령령 지정 지역, 편입 후 기간 미경과)로 제외되는지를 따로 봅니다. 가목 제외와 나목 비해당이 모두 확인되면 추가세액은 0원이고, 어느 한쪽이라도 제외되지 않으면 등기 완료 가정에서 4억 × 10% = 4천만 원입니다 [1]. 사례 A의 별도합산 논리는 농지에 이식되지 않는다는 점이 분류의 실익입니다.

④ 소유기간 중 일부만 제외사유에 해당하는 경우. 사례 A를 ‘해당 기간 내내’로 고정했지만, 별도합산과세대상 요건을 소유기간 중 일부에서만 충족했다면 제2항 본문의 ‘대통령령으로 정하는 기간’ 안에서 비사업용 기간이 충분히 채워지는지가 쟁점이 됩니다. 이 기간 기준은 제공된 원문에 없으므로 이 글에서는 0원과 4천만 원 사이의 경계가 시행령 기준에 달려 있다는 데까지만 말할 수 있고, 일부 기간만으로 어느 쪽이 되는지는 판단하지 않습니다 [1].

6. 기업 대응: 매각 전에 확인할 사실과 증빙의 연결

아래는 조문의 요건과 사실을 연결하기 위한 작성자의 내부 검토 제안입니다.

• 재산세 과세대장·과세유형 이력: 제4호 가목·나목 해당 여부를 소유기간 중 시점별로 보여줍니다. 사례 A와 B의 4천만 원 차이를 가른 사실이며, ④처럼 일부 기간만 해당하는 경우 어느 구간이 충족되는지 가려내는 자료입니다.
• 지목·이용현황·수입금액 자료: 제2항의 유형 분류(농지인지 제4호 토지인지)와 제4호 다목의 이용상황·수입금액 고려 요소를 뒷받침합니다. 어느 수준이 대통령령 지정 토지인지는 시행령과 대조해야 합니다.
• 법인의 주된 사업 판단 자료: 제1호 가목의 농업 주업 여부, 제2호 나목·제3호의 임업·축산업 주업 여부를 가릅니다. 사례 ③에서 가목 해당 여부의 전제입니다.
• 사용금지 법령·처분 자료와 취득일: 제3항의 ‘취득 후’ 발생 시점과 법령 근거를 보여줍니다. 표의 0원이 성립하려면 필요한 사실이며 인정 방법은 시행령 사항입니다.
• 등기부 등 취득 등기 자료: 10%와 40%(1억 2천만 원 차이)를 가르고 제4항 단서·제5항의 미등기 판단에 쓰입니다. 장기할부 취득이라면 계약조건상 등기불능 여부도 함께 봐야 합니다.
• 양도금액·장부가액 자료: 제6항 산식에 따른 소득 4억 원을 확정합니다. 양도 손실이 나는 경우의 계산은 제7항에 따라 대통령령에 위임되어 있어 이 글에서는 계산하지 않았습니다.

결론은 조건부입니다. 양도 토지가 제2항 각 호 중 어디에 속하는지, 해당 호의 제외사유가 소유기간 중 대통령령이 정한 기간 동안 충족되는지, 제3항 사유나 제4항 배제 사유가 있는지, 등기를 마쳤는지에 따라 이 사례의 추가세액은 0원, 4천만 원, 1억 6천만 원으로 갈립니다. 따라서 매각 전에는 재산세 과세 유형 이력, 이용 실태와 법인의 주된 사업, 취득 후 법령상 제한, 등기 상태 순으로 사실을 확정한 뒤 시행령의 기간·면적·지정 범위를 대조하는 것이 합리적입니다.

참고 출처

[1] 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례), 시행 2026. 7. 1., 법률 제21217호. 국가법령정보센터 조문